Že se vám do toho motám: MEGA je luxusní co se týče rychlosti atd., ale ten jejich stahovací systém trochu předběhl dobu a co dnes běžně prohlížeče umí. Aniž bych šel moc do technických detailů, tak není vyjímkou, že velký soubor stahovaný v prohlížeči (zvlášť IE) fakt stáhnete poškozený. Problém je v dekódování stažených dat, takže to imho ani nepůjde poznat na té velikosti. Výpočet nějakého kontrolního součtu už by to odhalil. I v Total Commanderu je funkce na výpočet různých součtů, tak to můžete zkusit.
Doporučuji stahovat pomocí nějakého stahovadla - já používám
http://wordrider.net/freerapid/ z Mega jsem s tím stáhl desítky GB bez problému. Blbé je jenom, že stejným problémem trpí i ten upload systém a to se nevyřeší, dokud nevydají nějakého klienta, co slibují.